农业环境类司法鉴定主要涉及三个层次：（1）现状或程度鉴定，即对污染或者破坏现状（包括范围、程度、污染类别等）进行鉴定；（2）因果关系鉴定，即“就企业的排污行为与农民种植（养殖）的农作物（畜禽）或农民承包的农产品产地、养殖水面等受损之间是否存在因果关系”进行鉴定；（3）损失评估鉴定，即在现状鉴定和因果关系鉴定的基础上，对破坏或者污染造成的损失（包括经济损失、生态损失）进行定量化评估。
农业环境类司法鉴定的特点：
1 科学性和客观性农业环境类司法鉴定中的科学性和客观性就是要求鉴定凭借其拥有的专业知识和技能，运用成熟的科学技术理论、方法、手段，采用公认的技术标准，使用适宜的仪器设备，严格按照规定的程序和操作规程，并将其贯彻于现场检案、现场采样、样品检测、样品分析等鉴定过程，通过科学客观的判断形成鉴定证据；要求鉴定机构加强规范化建设和内部管理，监督和科学管理鉴定实施过程和各种规范、标准的操作过程。科学性和客观性还要求鉴定机构和鉴定人在具体案件中注意技术判断的整体性和鉴定请求的合法性之间的冲突，并恰当协调冲突，控制鉴定成本。
2 及时性及时性，是指对于委托人委托的鉴定事项，鉴定机构及鉴定人必须在法定时限内及时审查、及时受理、及时采样、及时分析、及时提交鉴定意见。
3回溯性在环境因果关系鉴定中，不少案件中的鉴定事项，尤其是重新鉴定事项和裁决性鉴定事项，委托到鉴定机构时，鉴定现场已经灭失或者致害因子已经消退，鉴定所依托的事实基础已经不复存在，鉴定中对事实的判断难度明显增大。对于此类鉴定，鉴定机构和鉴定人只能根据已有的材料和信息对事实的
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